A Pró-reitoria de Pós-graduação e Pesquisa (PR2) é responsável pela articulação e gerenciamento das atividades relacionadas à pós-graduação, à pesquisa e à inovação na UERJ.

De acordo com o PDI da Universidade, as metas da PR2 são:

• Propor diretrizes da política de pesquisa, pós-graduação e inovação a serem submetidas aos órgãos colegiados da Universidade;
• Incentivar e supervisionar a criação e desenvolvimento de Programas de Pós-graduação (modalidade stricto sensu) e Cursos de Especialização (modalidade lato sensu), zelando por sua qualidade.
• Fomentar a pesquisa na instituição, com destaque para projetos integrados entre áreas de conhecimento e interinstitucionais.
• Atuar e ampliar a relação da Universidade com agências de fomento, coordenando a captação de recursos junto a tais agências.
• Gerenciar programas institucionais para o desenvolvimento da pesquisa e pós-graduação, como por exemplo, o Programa Prociência, Professor Visitante, Proatec e Qualitec.
• Fomentar a articulação entre grupos de pesquisa para desenvolvimento de projetos multiusuários.
• Atuar na política institucional de produção de conhecimento, de tecnologia, e de formação e aperfeiçoamento de recursos humanos, incentivando a capacitação docente e o ensino para graduados, através da pesquisa, bem como a iniciação científica e tecnológica para alunos da graduação e de nível médio.
• Ampliar a inserção internacional da UERJ, incluindo a mobilidade de pesquisadores e alunos em todos os níveis, bem como o desenvolvimento de projetos bilaterais de pesquisa e programas de co-tutela.
• Disseminar a cultura de inovação, promovendo a transferência de conhecimento e estimulando a interação entre a UERJ e a sociedade.
• Consolidar o CEADS como um centro internacional de pesquisas nas áreas de biodiversidade, ciências do mar e ciências ambientais.